近日，首都醫(yī)科大學宣武醫(yī)院張艷團隊在感染領域知名學術期刊《Journal of Infection》（《感染雜志》）上發(fā)表題為“Evaluation of metagenomic and pathogen-targeted next-generation sequencing for diagnosis of meningitis and encephalitis in adults: A multicenter prospective observational cohort study in China”的研究論文。該多中心、前瞻性觀察性隊列研究結果提示，對于感染性M/E，腦脊液（CSF）的二代測序（NGS）檢測可以在傳統(tǒng)微生物檢測范圍之外提供更多的病原體信息，而且對于常見病原體，病原體靶向NGS（ptNGS）似乎比宏基因組NGS（mNGS）具有更好的檢測性能。首都醫(yī)科大學宣武醫(yī)院陳衛(wèi)碧為本文第一作者，張艷和吳英鋒主任醫(yī)師為共同通訊作者。

中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS）感染是一種高發(fā)病率和高病死率的復雜疾病，早期診治是決定患者預后的關鍵，然而顱內(nèi)病變的病因診斷極具挑戰(zhàn)。在臨床上，即使病因不同（感染性或非感染性），顱內(nèi)病變的臨床表現(xiàn)可以相似，而傳統(tǒng)的診斷技術（包括病原體培養(yǎng)、抗原/抗體測定和PCR測定）雖長期以來一直用于病原體檢測，但其檢測性能有限，超50%以上的腦炎通常不能檢測到病原體。因此，顱內(nèi)感染的抗感染治療大多是經(jīng)驗性的，臨床上迫切需要一種對致病微生物能夠進行早期并高效診斷的檢測方法。

二代測序（NGS）進行病原體鑒定是一個新興技術，但在顱內(nèi)感染的病原體診斷中，不同類型NGS的應用研究有限。為明確腦脊液（CSF）病原體檢測的最佳方法，研究者依托于中國科技部重點研發(fā)計劃項目發(fā)起了一項多中心、前瞻性觀察性隊列研究，對比分析了病原體靶向NGS（ptNGS）、宏基因組NGS（mNGS）和綜合的傳統(tǒng)微生物學分析方法對感染性腦膜炎/腦炎（M/E）的診斷效果。研究結果顯示，多中心入組的152例臨床診斷為疑似M/E患者，CSF標本在傳統(tǒng)微生物學分析基礎上，同步行ptNGS和mNGS病原體分析。89例確診感染性M/E患者，分別有57例和39例患者通過ptNGS和mNGS明確了致病微生物檢測。經(jīng)差異分析，ptNGS的總體準確率為65.1%，陽性符合率（PPA）為64%，陰性符合率（NPA）為66.7%；而mNGS總體準確度為47.4%， PPA為43.8%，NPA為52.4%。

在這項研究中，證實了使用CSF的NGS對感染性M/E的診斷效率：（1）CSF的NGS檢測能在傳統(tǒng)的微生物檢測范圍之外額外提供病原體信息；（2） 在兩種不同的病原體檢測技術之間，ptNGS在常見病原體檢測方面似乎優(yōu)于mNGS（總體準確率：65.1%對47.4%）。該研究結果為顱內(nèi)感染的檢測方法的選擇提供了依據(jù)。

該研究得到國家重點研發(fā)計劃（2020YFC2005403）項目的支持。